הרמב"ן, בהקדמתו לספר שמות, קובע שחומש שמות הוא – ספר הגלות והגאולה, אלא שלא נסתיים הספר ביציאה ממצרים, אלא בסיום מלאכת המשכן, משום שרק אז – שבו ישראל אל מעלת אבותם, שהיה סוד אלו-ה עלי אהליהם, והם הם המרכבה, ואז נחשבו גאולים. רק משזכו ישראל להשראת השכינה בתוכם, הושלמה הגאולה והגיעה לתכליתה.
בדברי הרמב"ן עולה בפנינו בבהירות מטרתו ומשמעותו של המשכן, כדברי הכתוב, ועשו לי מקדש ושכנתי בתוכם. הרמב"ם, סבור אחרת, שהרי בתחילת הלכות בית הבחירה כתב כך, מצוות עשה לעשות בית לד', מוכן להיות מקריבים בו הקרבנות, וחוגגים אליו שלוש פעמים בשנה, שנא' ועשו לי מקדש. אלא שגם בדבריו אנו מוצאים את השראת השכינה, ואת הקשר של ישראל אליה, כחלק ממטרת המקדש, גם אם מטרה שניה.
הרמב"ן בהקדמתו לויקרא, מדגיש שהקרבנות הם עניין נפרד, ולכן הם מופיעים בספר בפני עצמו. ללמדך, שאין תכלית המקדש – הקרבנות, אלא עצם השראת השכינה בישראל. לכאורה יש להקשות על דברי הרמב"ם, מכך שרוב ככל הקרבנות אינם מובאים להקרבה במקדש, אלא בחצרו, וקצת דחוק להקים בית כדי להקריב קרבנות בחצר.
ארבע פעמים בפרשת תרומה, מודגש שמשה רואה את צורת המקדש בעלותו ההרה, והוא מצווה לבנות את המשכן כמשפטו אשר הראת בהר. ככל הנראה כוונת הדברים היא שיש אופן וצורה כיצד נראה מקומה של השכינה למעלה, והבית שאנו בונים למטה, צריך להיות מתאים בצורתו למקדש של מעלה. וכתב הרמב"ן, בראשית י"ד י"ח, שהוא מכוון כנגד בית מקדש של מעלה. בשינוי לשון הדבר מבואר בגמ' תענית ה' ע"א, שירושלים של מטה מכוונת כנגד ירושלים של מעלה.
מפורסמת מאד הדרשה, ושכנתי בתוכם, בתוכו לא נאמר, כי אם בתוכם, בתוך ליבו של כל אחד ואחד. דרשה זו היא כמעט פשוטו של מקרא, שהרי כוונת הפסוק בוודאי היא שע"י שד' שוכן במקדש, נחשב הדבר שהוא שוכן בתוך העם. על זה נאמר בתורה (במדבר ב' ב'), סביב לאוהל מועד יחנו. אמנם הציווי הזה מתייחס לזמן שהיו ישראל במדבר, ואינו נוהג לדורות, אבל בלי ספק הוא מבטא רעיון גדול ונצחי. השראת השכינה היא נקודת המרכז של כנסת ישראל. הגר"א מתנסח שהשראת השכינה היא רוח החיים של עם ישראל כולו.
העיקרון הזה בא לידי ביטוי בארון הברית, והוא נקודת החיבור בין הקב"ה לבין ישראל. הוא נמצא בקדש הקדשים, שם אין כניסה לשום אדם, בדרך כלל, ואין שם סדרי עבודה. עצם החיבור אינו תלוי בעבודתם של ישראל, וגם כשיצאנו לגלות, הובטח לנו ואף גם זאת, בהיותם בארץ אויביהם, לא מאסתים ולא געלתים, לכלותם, להפר בריתי איתם. ככל שירד מצבם של ישראל, אנו מובטחים ששני דברים אינם יכולים להתרחש. לא יתכן שתחול עלינו כליה, ובלתי אפשרי שהברית תופר.
באהל מועד נמצאים, כנאמר בפרשת תרומה, שולחן ומנורה. בספר מלכים, מסופר על האישה השונמית שעשתה עבור הנביא עליית קיר קטנה, ושמה שם מיטה ושולחן, כסא ומנורה. אלו הם הכלים המבטאים מגורי אדם בסיסיים. באוהל מועד נמצאים רק שניים מתוכם, אלו שאפשר לראות בהם לא רק צורך, הנובע מחולשה, ככיסא ומיטה, אלא גם ביטוי של חיות אנושית. הסעודה משמשת גם כאירוע חברתי, והמנורה נועדה גם לכבוד. כמובן, הצורה הזו כולה נועדה לאפשר לבני אדם לתפוס, לפי מושגיהם, שד' ית' אינו גר עוד בשמים, אלא הוא העתיק את ביתו לארץ, לשכון בתוכנו.
טעמן של מצוות רבות הוא קדושת ד'. קדושים תהיו, כי קדוש אני ד' אלוקיכם. הנוכחות של ד' בתוך עם ישראל, מחייבת את ישראל לנהוג בהנהגות של קדושה. הדבר הזה מפורש ביחס לענישת רוצח (במדבר ל"ה ל"ד), ולא תטמא את הארץ אשר אתם יושבים בה, אשר אני שוכן בתוכה, כי אני ד' שוכן בתוך בני ישראל. אין מטרת התורה שישראל יעבדו את אלוקי השמים. אלא ד' ירד לשכון בארץ, ואנחנו נהפוך את המציאות כולה לקודש, ע"י התנהגותנו הנכונה והראויה, הן במצוות הקדושה, והן ע"י עשיית צדקה ומשפט, שהם מושגים אלוקיים, ונקראים דרך ד'. כדברי הכתוב (שמות כ"ב ל'), ואנשי קדש תהיון לי.
