דין טומאת נגעים אינו מובן לנו כראוי. הרמב"ן, בדבריו בכללות עניין הנגעים כתב, והתורה רצתה בטהרת ישראל ובנקיות גופם, והרחיקה החולי הזה מתחילתו, כי המראות הללו אינן עדיין צרעת גמורה, אבל תבואנה לידי כך, ויאמרו הרופאים בספריהם, הבהרות נירא מהן מהצרעת. ומשמעות הדברים שדיני נגעים הם הזהירות מהחולי ומהתפתחותו. כך נראה גם מדבריו בהמשך בעניין שיער לבן שהוא סימן טומאה, כי הנגע שלא יהפוך השיער ללובן, איננו אלא כיעור בעור, לא ליחה שתחליא כלל. והדבר צריך עיון, שהרי בלי ספק יש מחלות קשות וחמורות מן הצרעת, ולא שמענו שיש בהם טומאה כלל, ומהו עניין הטומאה בצרעת.
והרבה מצאנו בדברי חז"ל על החטאים המביאים נגעים על האדם. ופשוטו של מקרא הדיבור בגנות הצדיקים מביא צרעת, כמו שמצאנו במרים הנביאה, שנצטרעה בגלל דיבורה בגנות משה רבנו, והתורה הזהירה במפורש, זכור את אשר עשה ד' אלוקיך למרים, בדרך בצאתכם ממצרים. אבל כל זה, כמובן, אינו סיבת הטומאה שבנגעים, אלא אחרי שהנגע מביא את הטומאה לימדונו חז"ל מהם המעשים הרעים המביאים את הנגעים.
והרמב"ן, בנוגע לנגעי בגדים ובתים, כתב וז"ל, והבגד כי יהיה בו נגע צרעת, זה איננו בטבע כלל ולא הווה בעולם, וכן נגעי בתים. אבל בהיות ישראל שלימים לד', יהיה רוח ד' עליהם תמיד להעמיד גופם ובגדיהם ובתיהם במראה טוב, וכאשר יקרה באחד מהם חטא ועוון, יתהווה כיעור בבשרו או בבגדו או בביתו, להראות כי ד' סר מעליו. ואע"פ שנראה מדבריו שהוא מחלק בין נגעי אדם לנגעי בגדים ובתים, כמו שמפורש גם בדברי הרמב"ם סוף הלכות טומאת צרעת, שנגעי אדם הם דבר טבעי, ונגעי בגדים ובתים הם אות ופלא, מ"מ בדברי הרמב"ן הללו נראה שכל הנגעים הם בבחינת יד ד' להרחיק את האדם. ונראה שזוהי סיבת הטומאה בנגעים, שפגעה באדם או בבגד או בבית, יד ד' להרחיקו ולנזוף בו. וכך אמרה תורה בנוגע לצרעת מרים, ויאמר ד' אל משה, ואביה ירוק ירק בפניה, הלוא תכלם שבעת ימים. והרי שהצרעת היא כיריקה המרחקת והמבזה, שבאה מאת ד', ולכן היא טמאה.
וכדברים הללו מבואר גם בספר הכוזרי, והיה ממופתי השכינה שיראה החרון המועט על העוונות לעיתם בקירות וובגדים, וכאשר יחזק העניין יראה בגופים על מדרגות מן החוזק והחולשה. והכהנים מועמדים לחכמה הזאת הדקה, להכיר מה ממנה אלוקי, ומה ממנו מזגי. ומשמעות הדברים שהנגעים באופן כללי הם אות לחרון אף ד', ושהתורה שניתנה ביד הכהנים באה להורות איזה נגע הוא ניסי, ויש בו יד ד', והוא הנגע המטמא, ואיזה נגע נובע ממזג הגוף, והוא כשאר מחלות הגוף והוא טהור.
ונראה מיסודות דיני נגעים שטומאתם מגיע מחמת זרות המקרה, וככל שהנגע אינו נראה שייך לדרך הטבע ולמחלות האדם, כך מתרבה טומאתו. ולכן בנגעי אדם כולם, עצם הנגע אינו מטמא, אלא שהכהן מסגירו, לראות אם יתפתח בו סימן טומאה. ואם חלפו שבועיים של הסגר בלי סימני טומאה, טהור הנגע. ואילו בנגע בתים ובגדים, שאינם דבר חי, ופחות שייכות בהם מחלות טבעיות, ולכן בהם די בעצם הנגע, בלי שום סימן טומאה כדי לטמאות, ושלושה שבועות של הסגר מחליטים אותו לטומאה, גם אם לא צמח בו שום סימן טומאה.
ובצרעת השחין והמכווה, שזהו נגע שצמח במקום שיש בו חולי ומכה קודמת, אין צריך שבועיים של הסגר, ודי בשבוע אחד שלא צמח בו סימן טומאה, כדי לטהר, ככתוב, ואם תחתיה תעמוד הבהרת, לא פשתה, צרבת השחין היא, וטהרו הכהן. הרי שהנגע עצמו, בלי סימן טומאה אינו מטמא, והתורה מנמקת את טהרת הנגע הזה, צרבת השחין היא, לאמר, יש סיבה טבעית לנגע הזה, והוא השחין. גם לגבי צרעת המכווה מנמקת התורה את טהרת הנגע, וטיהרו הכהן, כי צרבת המכווה היא.
ומן הפסוק, השמר בנגע הצרעת לשמור מאד ולעשות, למדו חז"ל שאסור מן התורה לעקור את הנגע או את שימני הטומאה שבו, כנאמר במשנה, התולש סימני טומאה, והכווה את המכווה, עובר בלא תעשה. ונראה תוכן האיסור שאם קיבל האדם נזיפה ממלכו ואלוקיו, אסור לו להסיר את הנזיפה בידיו, ועליו להרכין ראש ולקבל את הנזיפה.
