בפרשת שופטים אנו למדים על סמכותו של השופט אשר יהיה בימים ההם. כי יפלא ממך דבר למשפט – אם יווצר ספק בדבר המשפט הנכון והראוי באחד מענייני התורה, או כאשר יווצר וויכוח בין החכמים מהו הדין הנכון – דברי ריבות בשעריך, בכל מקרה כזה התורה מצווה אותנו ללכת אל המקום אשר יבחר ד', ולשאול שם את מורי ההלכה. זהו כוחה של הסנהדרין, כלשון הרמב"ם, בי"ד הגדול שבירושלים הם עיקר תורה שבעל פה, והם עמוד ההוראה, ומהם חוק ומשפט יוצא לכל ישראל. ועליהם הבטיחה תורה, שנא', על פי התורה אשר יורוך ועל המשפט אשר יאמרו לך תעשה. וכל המאמין במשה רבנו ובתורתו חייב לסמוך מעשה הדת אליהם ולהישען עליהם. משהתקבלה ההחלטה בסנהדרין, מחויבים כל ישראל לנהוג על פי הוראתם. המסרב לשמוע בקול הסנהדרין, ומורה לאחרים לנהוג על פי דעתו שלו, הוא הנקרא זקן ממרא, והוא מחויב מיתה.
הרמב"ם מבאר, שזקן ממרא אינו אדם הכופר בתורה שבעל פה. הוא מקבל את המסורת שיש בידינו מסיני בפירוש התורה. מי שאינו מאמין במסורת, הם הצדוקים והקראים, אינו בכלל חכמי ישראל כלל, אלא הוא בכלל המינים, שאינם בכלל ישראל כלל. אלא שבעניין מסוים, שבו אין לחכמים מסורת וודאית, ונוצר דיון המבוסס על הבנת דברי התורה, או על דרכי השימוש במידות שהתורה נדרשת בהם. בעניין כזה, דעתו של החכם האחד, כמו דעת יתר החכמים הן שתי דעות לגיטימיות ואפשריות, ואעפ"כ הדין הוא שהכרעת הרוב מחייבת את כולם כולל אותו חכם שדעתו שונה, והיא היא הדבר שד' מצווה עלינו לקיים.
הרמב"ן חולק על הרמב"ם, וסובר שכל זקן ממרא הוא בעצם כופר בתורה שבע"פ, אע"פ שהוא מאמין במסורת שקיבלנו מסיני ומקבל אותה, ורק חולק על החכמים בעניין שתלוי בשיקול דעת. יש כאן דבר הצריך ביאור, שהרי כפירה היא חטא בדעה ובמחשבה, והיכן מצינו שאדם המסרב לקיים ציווי מעשי הופך בכך לכופר? איזה עניין של אמונה יש בחיוב לציית להוראות בית הדין? במה הוא שונה מכל עבריין שמסרב לקיים מצווה כלשהי ואינו נהפך בזה לכופר?
התשובה לכך שבסמכותו של בית הדין באה לידי ביטוי אחדותו של עם ישראל המקיים תורה ועובד את ד' יחדיו. מי שאומר לעצמו, שעם ישראל כולו על חכמיו ומנהיגיו נעזב על ידי ד', וסטה מן התורה, ורק הוא בעצמו עושה את הדבר הנכון לבדו, הוא במובן מסוים עוזב את השראת השכינה על עם ישראל כולו. לדבריו, כבר לא קיימת בעולם הברית שכרת ד' עם ישראל, והעם כולו נעזב לבדו. הרמב"ן מחמיר כאן, וקובע שההכרה בתורת עם ישראל היא מיסודות האמונה והעוזב אותה נקרא מין, אבל גם הרמב"ם מודה שעל זה ציוותה תורה והעיקרון הזה מחייב לגמרי. זהו פשר לשונו של הרמב"ם, ועליהם הבטיחה תורה. הציווי שמופיע כאן הוא ברור לגמרי, היכן יש כאן הבטחה?
משמעות הדברים היא שכאן הובטח לנו שהתורה, והשראת השכינה הנובעת משמירתה מתקיימת בכלל ישראל ע"י הכרעת הרוב בסנהדרין. "אפילו תחשוב בלבך שהם טועים, והדבר פשוט בעיניך כאשר אתה יודע בין ימינך לשמאלך, תעשה כמצותם, ואל תאמר איך אוכל החלב הגמור הזה או אהרוג האיש הנקי הזה, אבל תאמר כך צוה אותי האדון המצוה על המצות שאעשה בכל מצותיו ככל אשר יורוני העומדים לפניו במקום אשר יבחר ועל משמעות דעתם נתן לי התורה אפילו יטעו… אפילו יהיה בעיניך כמחליף הימין בשמאל, וכל שכן שיש לך לחשוב שהם אומרים על ימין שהוא ימין, כי רוח השם על משרתי מקדשו ולא יעזוב את חסידיו, לעולם נשמרו מן הטעות ומן המכשול" (לשון הרמב"ן) דווקא בהליכה על פי ההוראה שלהם, מתקיימת התורה בישראל והקשר עם ד' ממשיך.
מכאן נובעת סמכותם המלאה של חכמי הש"ס. הרמב"ם בהקדמתו לספר משנה תורה מאריך לבאר שבזמן ההוא כבר לא היה פעיל בי"ד הגדול של שבעים ואחד, ואעפ"כ הסכמת חכמי הגמרא היא בבחינת תורה שבעל פה לחלוטין, "הואיל וכל אותן הדברים שבתלמוד הסכימו עליהם כל ישראל, ואותן החכמים שהתקינו או שגזרו או שהנהיגו או שדנו דין ולמדו שהמשפט כך הוא – הם כל חכמי ישראל או רובן".
מאותו העיקרון נובעת גם סמכותם של החכמים שאחר חתימת התלמוד לפסוק לבני מקומם, ע"פ דעת רוב ככל החכמים שבאותו מקום, ועל פי קבלת רוב ציבור שומרי התורה באותו מקום. הכוונה, היא שאותה קהילה היא נציגות מסוימת של כנסת ישראל כולה, והיא עובדת את ד' בשלימות כיחידה אחת. הפורש ממנהגי קהילתו, אינו נידון, כמובן, בדין זקן ממרא, אבל הפגמים החלים על המורד בסנהדרין, חלים במידה מסוימת גם על המורד בסמכות חכמי התורה שבזמנו ובמקומו, ויוצא מהנהגת כלל עובדי ד' במקומו. על זה דרשו חז"ל בציווי – לא תתגודדו – לא תעשו אגודות אגודות.
כמו שהסכמת כלל ישראל מחייבת את כולם, כך מחויבים אנו לקבל ולכבד את הדרכים השונות של חכמי התורה במקרים שבהם אין דרך להגיע להכרעה כוללת. הטעם הוא אחד. כך מתקיימת השראת השכינה בכל ישראל העובדים את ד' ונאמנים לתורה שבכתב ושבע"פ.